応仁2年（1468年）、室町時代の創祀と伝えられており、旧寺島新田の鎮守として尊崇され、 古くは「第六天社（だいろくてんしゃ）」と呼ばれていました。 明治時代初期の「神仏分離の制度」で『高木神社』と改めました。 その社名は、御祭神である高皇産靈神(タカミムスビノカミ)の別名が「高木の神」であるからといわれています

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